Die Konzeption der S-Bahn Siegen und damit auch der Erfolg dieses Vorhabens hängt wesentlich von der Integration in das bestehende ÖPNV-Gefüge ab. Die S-Bahn Siegen kann – auch wenn sie als Verkehrsmittel ein eigenständiges Erscheinungsbild mit hohem Qualitätsstandard vermitteln soll - nicht mit den weitläufig bekannten, komplexen S-Bahnnetzen von großstädtischen Ballungsräumen verglichen werden. Diese sind zumeist polyzentrisch ausgerichtet und können ein vom übrigen Bahnverkehr weitgehend unabhängiges System mit erheblich höherer Frequenz vorhalten.
Vielmehr ist hier ein integriertes Liniennetz geplant, welches auch bestmögliche Verknüpfung mit dem Regionalverkehr bieten soll. Folgende Linien sind Bestandteil:

Der IRE Main-Sieg-Ruhr-Express fährt zweistündlich zwischen Hagen - Dillenburg – Gießen – Frankfurt/M über Siegen-Weidenau. Das Wagenmaterial besteht je aus 5 Doppelstockwagen (einschl. Steuerwagen) und einem Tfz BR 146 der DB Regio. Er sichert eine umsteigefreie, komfortable Verbindung zwischen Ruhrgebiet, Südwestfalen und dem Ballungsraum Rhein-Main. Alternierend verkehrt der IRE zwischen Hagen und Siegen, wobei das Wagenmaterial aus je 3 Doppelstockwagen (einschl. Steuerwagen) und einem Tfz BR 143 der DB Regio gebildet werden kann.
 
Der RE Rhein-Sieg-Express verkehrt als Ost-West-Verbindung im Stundentakt zwischen Aachen, Düren, Köln, Siegburg, Wissen, Betzdorf und Siegen. Er wird wie bisher zweistündlich nach Gießen durchgebunden. Das Wagenmaterial besteht je aus 5 Doppelstock-Wagen (einschl. Steuerwagen) und einem Tfz BR 146 der DB Regio. Durch den bereits begonnen Ausbau der Strecke Troisdorf – Au (Sieg) und den Wegfall von überregional wenig bedeutenden Halten wird eine komfortable und mittelfristig auch deutlich schnellere Anbindung an den Kölner Raum und die ICE-Bahnhöfe (Siegburg, Köln-Deutz, Köln Hbf und Aachen Hbf) mit Anschluß in alle Richtungen ermöglicht. In Gießen bestehen weiterhin gute Anschlüsse u.a. an die IC-Linie Stralsund-Hamburg-Karlsruhe.
 
Der neue RE Rothaar-Express verkehrt im Stunden-Takt zwischen Siegen und Bad Berleburg. Hier wird erstmals eine schnelle und komfortable Anbindung des Altkreises Wittgenstein an den Großraum Siegen ermöglicht. In Kreuztal besteht jeweils unmittelbar gegenseitig Anschluß an die S1 Richtung Siegen und Richtung Lennestadt. In Siegen ergeben sich gute Anschlüsse in alle Richtungen. Durch die höhere Fahrgeschwindigkeit auf dem Abschnitt Siegen - Kreuztal - Hilchenbach, weitere punktuelle Fahrwegsverbesserungen und den Funkleitbetrieb bzw. GSM-R-Technik verkürzt sich die Reisezeit erheblich. Zwischen Hilchenbach und Bad Berleburg können dennoch alle Haltepunkte bedient werden. Gefahren werden soll mit Hybrid-Triebwagenzügen "AGC". In Erndtebrück besteht mehrmals täglich gegenseitiger Anschluß an die Obere Lahntalbahn.
Zur Attraktivierung des Wittgensteiner Fremdenverkehrs soll dieses Angebot (wieder) durch eine neue Direktverbindung von und nach Köln ergänzt werden. Jeweils freitags wird ein RegionalExpress der Linie RE 9 am Nachmittag mit 3 "AGC"-Einheiten zwischen Köln Hbf und Siegen Hbf eingesetzt. Die vorderen Triebwagenzüge verkehrt weiter bis nach Bad Berleburg bzw. Bad Laasphe. Sonntags spätnachmittags wird in umgekehrter Richtung verfahren.
 
Die neue RB Lennetal-Bahn verkehrt im Stundentakt zwischen Siegen Hbf über Finnentrop – Hagen nach Essen Hbf. Sie kann von der DB Regio mit elektrischen Triebzügen BR 425 betrieben werden. Im Abschnitt Siegen Hbf - Finnentrop verkehrt sie als S1 der S-Bahn Siegen.
Die Haltepunkte "Lenhausen" und "Nachrodt-Wiblingwerde" (ehem. "Einsal") sollten zur besseren Erschließung neuer Wohngebiete reaktiviert werden. In Lennestadt besteht jeweils Übergangsmöglichkeit zum Main-Sieg-Ruhr-Express, in Finnentrop zusätzlich zur Biggesee-Bahn.
 
Die RB Biggesee-Bahn verkehrt im Stundentakt zwischen Finnentrop über Attendorn nach Olpe. In Finnentrop bestehen immer sowohl in Richtung Hagen (IRE und RB) als auch in Richtung Siegen (S1) optimale stündliche Anschlüsse. Der Betreiber (Bedienung und Fahrweg) ist in einem Ausschreibungsverfahren zu bestimmen. Das Streckengleis wird abschnittsweise für eine Höchstgeschwindigkeit von 100 km/h modernisiert. Im reaktivierten Streckenteil Olpe – Dieringhausen werden der Gleiskörper saniert und die Haltepunkte für die Fahrgäste neu errichtet. Die RB Oberbergische Bahn kann damit nach Olpe bzw. Sondern verlängert werden. Der Bahnhof Olpe als neuer Kopfbahnhof erhält einen Umbau der Bahnsteiganlage. Die Bedienung der Strecke soll mit modernen, spurtstarken Dieseltriebwagen erfolgen. Zwischen Finnentrop und Attendorn können umlaufbedingt 2 Fahrten stündlich in jeder Richtung angeboten werden.
 
Die RB Obere Lahntalbahn wird abschnittsweise für eine höhere Geschwindigkeit modernisiert. Zur besseren Erschließung entstehen folgende Haltepunkte neu: Im Bereich Bad Laasphe "Amalienhütte", "Bad Laasphe Kurpark" und "Friedrichshütte" sowie "Saßmannshausen". Die "Kurhessenbahn GmbH" entwickelt derzeit mit den beteiligten Kommunen mittelfristig ein neues, qualitativ verbessertes Bedienungskonzept u.a. für die Strecke Marburg – Bad Laasphe - Erndtebrück, welches dann mit dem vorliegenden Konzept in Einklang zu bringen ist.
 
Die RB Hellertalbahn verkehrt im Stundentakt zwischen Betzdorf und Burbach. In Herdorf erfolgt die Flügelung der Züge zur ortsnahen Bedienung der Gemeinde Neunkirchen über die ehem. Freiengrunder Eisenbahn (FGE). Beide Strecken können weiterhin von der "Hellertalbahn GmbH" mit modernen Dieseltriebwagen der Bauart GTW bedient werden. Der FGE-Abschnitt wird für den Reiseverkehr mit einer Streckengeschwindigkeit von 60 km/h hergerichtet. Es entstehen neu die Haltepunkte "Struthütten", "Neunkirchen Rathaus", "Neunkirchen Nord" und "Salchendorf" (mit P+R). Das Streckengleis der Hellertalbahn wird abschnittsweise (wieder) für eine Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h modernisiert. Zwischen Burbach und Dillenburg verkehren die GTW-Triebwagen im 2-Stunden-Takt mit einzelnen Verdichtungen. In Haiger und Dillenburg besteht gegenseitig Anschluß an den übrigen Regionalverkehr. Auf der gesamten Strecke ist gleichzeitig der Funkleitbetrieb bzw. GSM-R-Technik anstelle der bisherigen veralteten und kostenintensiven Stellwerkstechnik im Sinne einer rationellen Fahrwegsicherung vorgesehen. Im Abschnitt Betzdorf - Herdorf sind zur Hauptverkehrszeit ebenfalls Verdichtungszüge vorgesehen.
 
Die RB Daadetalbahn verkehrt weiterhin im Stundentakt zwischen Betzdorf und Daaden. Die Strecke wird von der "Westerwaldbahn GmbH" bedient. Der Einsatz zeitgemäßer Leicht-Triebwagen ermöglicht eine Komfortsteigerung und auch die Verkürzung der Fahrzeit. Auch auf dieser Strecke sind zur Hauptverkehrszeit Verdichtungszüge vorgesehen.
 
Die RB Asdorftalbahn wird abschnittsweise für einen modernen Nahverkehr reaktiviert und verkehrt zunächst im Stundentakt zwischen Betzdorf und Niederfischbach. In Betzdorf und Kirchen bestehen gute Anschlüsse in alle Richtungen. Die Strecke wird für den Reiseverkehr mit einer Streckengeschwindigkeit von 60 km/h wieder eingerichtet. Die Bahnübergänge werden technisch gesichert und teilweise zusammengelegt. Die seinerzeit zahlreich vorhandenen Haltepunkte werden in moderner, einheitlicher Form wieder errichtet. Die Strecke kann von der "Westerwaldbahn GmbH" bedient werden. Zum Einsatz sind zeitgemäße Leicht-Triebwagen vorgesehen.